La estructura del sistema de gestión de bases de datos NoSQL conocido como MongoDB difiere en muchos aspectos de las soluciones relacionales como MySQL. En concreto, la estructura difiere en ambos casos y permite tanto una mayor escalabilidad, como una mayor flexibilidad. Los datos se almacenan en documentos y estos, a su vez, se agrupan en colecciones. Por un lado, dichas colecciones se crean automáticamente, pero, por otro lado, también se pueden crear manualmente con MongoDB Create Collection, que ofrece la posibilidad de influir en el tamaño máximo o en la documentación de la colección. Si, por el contrario, una colección queda obsoleta, puede ser eliminada mediante la función Drop Collection, borrándola de la base de datos.