MySQL fue desarrollado por la empresa sueca MySQL AB en 1994 y salió al mercado un año después. El nombre del sistema de base de datos está compuesto por el nombre de la hija del fundador (My) y el lenguaje central del sistema de bases de datos (SQL). El sistema está programado en los lenguajes de programación C y C++. La versión actual MySQL 8 está disponible desde 2018.
La empresa MySQL fue comprada por Sun Microsystems en 2008. Sun Microsystems, a su vez, fue adquirida por Oracle dos años después, de modo que hoy MySQL es mantenido y desarrollado por Oracle. Poco antes de la adquisición, se creó MariaDB, una escisión de MySQL, bajo la dirección del fundador de MySQL, Michael Widenius. Esta vez el fundador utilizó el nombre de su hija menor, Maria.
Sin embargo, desde que MySQL fue adquirido por Oracle, el sistema de bases de datos ha sido criticado con mucha frecuencia. La razón: las diferencias entre la versión gratuita y la de pago del sistema aumentan constantemente. Por ello, MariaDB y MySQL compiten hoy más que nunca.