También los métodos de firma están estrechamente relacionados con la criptografía de clave pública. RSA es el método más utilizado para hacer firmas digitales. En este caso, el remitente codifica su mensaje con la clave privada, es decir, que “firma” su mensaje con RSA. Después, ya puede enviar el mensaje. El destinatario verifica la autenticidad del mensaje e identidad del emisor con su clave pública.
El RSA se considera un procedimiento de firma antiguo, pero probado. Otras alternativas que generan o reconocen firmas digitales mediante un método muy similar son DSA (Digital Signature Algorithm o algoritmo de firma digital) y ElGamal.
Un ejemplo concreto de protocolo criptográfico es el cifrado con SSL/TLS. Este protocolo de red garantiza una comunicación segura, por ejemplo, entre el servidor web y el navegador. Al mismo tiempo, comprueba la autenticidad del servidor. Para ello, SSL/TLS utiliza el cifrado híbrido, por lo que combina los métodos asimétrico y simétrico. La clave pública está firmada por un organismo de certificación, y el certificado resultante, a su vez, está encriptado. El certificado solo puede abrirse utilizando la clave pública del organismo de certificación. Para este fin, el servidor web envía, por ejemplo, su clave pública certificada al navegador, que verifica el certificado. Si este es válido, el navegador genera una clave simétrica y la envía al servidor web. Ambos ahora utilizarán esta clave común durante el resto de la sesión SSL/TLS para cifrar simétricamente su tráfico de datos.