Si la comunicación, publicidad, distribución y venta se lleva a cabo a través de diferentes canales en lugar de uno solo, se requiere una logística más compleja y un mayor grado de control. Puede ocurrir que si los diferentes canales no presentan una imagen corporativa homogénea, el cliente potencialse irrite y no distinga si los productos y servicios ofrecidos pertenecen a la misma empresa.
Otra desventaja del marketing multicanal es que los diferentes canales de ventas coexisten pero no están interconectados en términos de organización y tecnología de la información. Al no ofrecer al cliente la posibilidad de cambiar de un canal a otro durante una misma transacción (por ejemplo, en el caso del práctico click and collect), este puede abandonarnos en favor de nuestro competidor, que sí ofrece una experiencia de compra integral.
Otra de las cuestiones a tener en cuenta es el de la “canibalización”. Por ejemplo: los usuarios pueden firmar contratos de DSL por teléfono, online o a través de las filiales del proveedor de servicios. En una estrategia multicanal, cada uno de los canales opera por su cuenta, de modo que el dependiente que presta asesoramiento al cliente en la tienda no se beneficia del contrato que ese cliente potencial pueda firmar posteriormente a través de la página web. En este caso se hablaría de un efecto de canibalización, ya que el negocio y, por lo tanto, las ventas, se desplazan parcial o totalmente de un canal a otro. Muchos propietarios de tiendas, por ejemplo, temen que los clientes pasen de la tienda física a la tienda online, aunque con cifras esto solo puede corroborarse hasta cierto punto.
Algunos estudios reflejan, de hecho, un panorama totalmente diferente. En ellos se afirma que los consumidores utilizan Internet más como una opción para informarse y que el 49 % de los consumidores españoles valoran la posibilidad de ver y tocar un artículo antes de comprarlo, lo que entre profesionales se conoce como efecto ROPO.