En muchos aspectos es evidente que Nextcloud no es un software nuevo, sino la variante libre de ownCloud. En cuanto al almacenamiento e intercambio de archivos no hay diferencias notables entre ambas aplicaciones.
Los rasgos distintivos más importantes se dan, sin embargo, con respecto a las funciones adicionales y de seguridad: por un lado, la política de licencias de ownCloud se ocupa de que algunos componentes como la búsqueda de texto completo, la gestión del flujo de trabajo o el branding solo estén disponibles para los clientes del paquete Enterprise, limitación que no tienen los usuarios de Nextcloud, pues solo la asistencia y las actualizaciones tienen un coste extra. Por otro lado, las funciones más actuales, como las llamadas y las videoconferencias, indican que el equipo de Nextcloud centra más su atención enla mejora funcional de la aplicación, queriendo convertirla así en una plataforma de colaboración online más compleja. Mientras tanto, ownCloud se centra en la optimización de las características de seguridad, en lo que su sucesor parece ir un paso por delante con funciones como la protección contra ataques de fuerza bruta configurada automáticamente.
Como software relativamente nuevo, Nextcloud se enfrenta a los típicos problemas iniciales, como por ejemplo, que la redacción en inglés de los manuales online no es muy extensa hasta la fecha. Asimismo, las actualizaciones no tienen lugar de una manera tan sencilla como en ownCloud.