En las bases de datos relacionales clásicas, debe haber un campo para cada dato, y esto en cada entrada. Si la información no está disponible, la celda queda vacía, pero debe haber una. Las bases de datos documentales son mucho más flexibles: la estructura de los documentos no tiene por qué ser coherente, lo que permite almacenar conjuntos de datos no estructurados muy grandes en una sola base de datos.
También es más fácil integrar datos nuevos: mientras que, en una base de datos relacional, el nuevo punto de información se debe insertar en todos los registros de datos, en una base de datos orientada a documentos basta con integrar la información nueva en solo unos pocos registros. El contenido adicional se puede añadir a otros documentos, pero esto no es necesario.
En estas bases de datos, además, la información no se reparte en varias tablas enlazadas. Todo se almacena en el mismo lugar, lo que puede mejorar el rendimiento. Sin embargo, esta ventaja de velocidad solo puede explotarse en las bases de datos documentales, siempre y cuando no se intente insertar elementos relacionales, porque las referencias no encajan en el concepto documental. Si, pese a todo, se intenta conectar a los documentos entre sí, el sistema se vuelve muy complejo y voluminoso. Cuando se trata de datos muy interconectados, se recomienda usar un sistema de base de datos relacional.