La programación neurolingüística siempre está en el punto de mira. A menudo se considera que es un método de manipulación, entre otras cosas, porque la practican algunas sectas como la de la cienciología.
El problema central, sin embargo, radica en la sobrevaloración de su eficacia por los usuarios que ponen en práctica la PNL con objetivos de dudosa moral. Con el paso de las décadas, la PNL se ha desarrollado de forma casi independiente. En la actualidad existen un sinnúmero de publicaciones en las que prácticamente cada autor aporta sus propias ideas y puntos de vista. La aplicación de las herramientas y la presentación de los modelos a menudo se llevan a cabo enteramente a su discreción.
El intrusismo laboral se ha apropiado de ciertos métodos y algunas personas pueden verse tentadas a ponerlos en práctica en terapias curativas. Especialmente cuando se combina con estados de trance, tratamientos de traumas o medidas terapéuticas de confrontación, las consecuencias pueden ser peligrosas, sobre todo si los métodos se utilizan de forma incorrecta. Por tanto, es fundamental que cualquier profesional cuente con la formación adecuada, lo que le otorgará una conciencia de riesgo y la habilidad necesaria para poner en práctica sus conocimientos correctamente.